Хм... занятно.
Тогда попробуйте проверить звук в обход PulseAudio... Предварительно отключив все возможные источники звука и уберите галку "Включить звуковые уведомления о действиях с окнами..." в gnome-volume-control
Сначала запустите (в gnome-terminal):
mplayer -ao pulse /путь/музыкальный_файл.mp3
и подергайте интерфейс - судя по вашему описанию, должны быть затыки.
Потом запустите:
pasuspender -- mplayer -ao alsa:device=hw=0.0 /путь/музыкальный_файл.mp3
и так же подергайте интерфейс - если затыков не будет (совсем) - значит надо искать причину в PA; а если затыки будут - значит в alsa, или что-нибудь посерьезней.
